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Selon l’article 12 de la loi organique n°94-100 du 5 février 1994, modifiée par la loi organique n°2010-830 du 22 juillet 2010 : "L'autonomie budgétaire du Conseil supérieur est assurée dans les conditions déterminées par une loi de finances".
Au 1er janvier 2012, les crédits affectés au Conseil seront regroupés au sein d'un programme 335 de la mission interministérielle "Justice", alors qu'ils faisaient l'objet auparavant de l'action 04 du programme 166 "Justice judiciaire".
Le fonctionnement du Conseil est assuré en outre par un secrétariat général, composé d'un secrétaire général et d'un ou plusieurs secrétaires généraux adjoints, nommés par décret du Président de la République sur proposition conjointe du premier président de la Cour de cassation et du procureur général près ladite Cour.
Cinq départements, composés de fonctionnaires contribuent au fonctionnement du Conseil :
- Gestion budgétaire, comptable et logistique
- Nominations de magistrats
- Plaintes des justiciables et des dossiers disciplinaires
- Missions internationales et visite des Cours d'appel
- Etudes, statistiques, évaluation, internet